Protocollen (NL)
Hier zijn de meest recente versies van alle protocollen specifiek voor de DNA barcoding faciliteit te vinden. Het is aan te raden deze site te gebruiken als bron voor bestanden.
Vanwege de grote doorvoer kunnen wij alleen materiaal accepteren dat op juiste wijze wordt aangeleverd. De juiste wijze van verzamelen wordt in onderstaande protocollen uitgelegd, kies het protocol dat voor het materiaal van toepassing is. Uitgangspunt bij het opstellen van de protocollen was in eerste plaats conservering van het DNA, gevolgd door gemak voor de verzamelaar en mogelijkheid tot snelle doorvoer op het lab.
Er dienen altijd twee bestanden te worden ingevuld. Het eerste is het SampleSheet bestand en geeft aan wat in welk buisje zit. Dit bestand wordt gebruikt in het lab. Het tweede bestand is voor de taxonomie- en verzamelgegevens. Er is keuze uit een zoölogie en een botanie versie. Deze gegevens worden opgenomen in het collectieregistratiesysteem, komen terecht op de labels en uiteraard in BOLD. Zowel het SampleSheet als het SampleData bestand moeten, correct ingevuld, aanwezig zijn op de barcoding faciliteit voordat we met het materiaal gaan beginnen.
SampleSheet
Registratie welk exemplaar in welk rekje/buisje zit.
SampleData Zoologie
Registratie taxonomie- en verzamelgegevens zoölogische samples.
Versie 1.2, nieuw per 30/11/2011
Registratie taxonomie- en verzamelgegevens botanische samples.
Versie 1.2, nieuw per 30/11/2011
Het collectieregistratiesysteem voor botanische objecten in gebruik bij NCB Naturalis is BRAHMS. Hoewel de SampleData botanie gemaakt is om compatibel te zijn met BRAHMS, hebben sommige velden een dergelijk lastige uitleg dat wij aanraden om de BRAHMS handleiding bij het invullen van de SampleData Botanie er bij te houden.
Voor Nederlands materiaal raden wij het gebruik van het softwarepakket KLASSE aan om taxonomie- en verzamelgegevens bij te houden. Het is in dat geval niet nodig om een SampleData bestand in te vullen, een export file vanuit KLASSE is genoeg. Hiervoor is een handleiding beschikbaar specifiek voor DNA barcoding materiaal.
Voor de fotografie van exemplaren die als voucher dienen bij DNA barcodes zijn door BOLD fotografie richtlijnen opgesteld. In sommige gevallen wijken wij hier echter van af, vanwege taxonomische relevantie of als de foto's ook voor andere doeleinden gebruikt gaan worden. Wij proberen zo veel mogelijk aan te sluiten bij het tevens lopende digitalisatie project van NCB Naturalis, en alle foto's komen in de nog op te zetten beeldbank terecht. Neem voor vragen over fotografie even contact met ons op.
Wednesday, November 30, 2011